In rete ho trovato svariati consigli, in particolare per le versioni antecedenti al 10.04 dove era presente il file apt-conf dentro la directory /etc/apt/ .
Dalla 10.04 LTS il file non esiste più, tuttavia è possibile ricrearlo mettendo opportunamente il comando per richiamare il proxy con:

Acquire::http:proxy "http://mioproxy:8080/";

E’ anche possibile inserire il proxy affinché lavori a livello globale (cioè cerchi di richiamare il proxy ogni qual volta debba uscire verso Internet), ma personalmente funzionava per le altre situazioni, ma non in apt-get. Per fare ciò occorre editare il file /etc/bash.bashrc aggiungendo alla fine del file

#proxy
export http_proxy="http://user:password@host:port/"
export ftp_proxy="http://user:pass@host:port/"

Ovviamente ricordatevi di salvare il file prima di modificarlo…

E’ necessario aggiungere pochi parametri al file config.php
Per prima cosa definiamo il nostro Proxy e la sua porta:

define('WP_PROXY_HOST', '192.168.1.1');
define('WP_PROXY_PORT', '8080');

Se il proxy necessita di una autenticazione aggiungeremo anche:

define('WP_PROXY_USERNAME', 'miauser');
define('WP_PROXY_PASSWORD', 'miapassword');

Se poi ci servisse che il proxy non venga usato ad esempio in locale o presso altri siti intranet, procederemo con questi parametri:

define('WP_PROXY_BYPASS_HOSTS', 'localhost, sito2.intranet');

Infine possiamo bloccare tutte le richieste verso siti che non riteniamo attendibili, e così poter compilare una white list per quelli che invece riteniamo affidabili:

define ('WP_HTTP_BLOCK_EXTERNAL', 'true');
define ('WP_ACCESSIBLE_HOSTS', 'api.wordpress.org, akismet.com');